(El Confidencial, 04-06-2026) | Fiscal
Hacienda ha sufrido un nuevo revés judicial en torno a las deducciones fiscales por actividades de I+D+i. Una reciente sentencia de la Audiencia Nacional vuelve a limitar la capacidad de la Agencia Tributaria para impedir la aplicación de estos incentivos fiscales cuando los proyectos ya habían sido previamente validados por el Ministerio de Ciencia.
El fallo, al que ha tenido acceso El Confidencial, sigue la línea marcada por la jurisprudencia del Tribunal Supremo y deja claro que la Agencia Tributaria no puede cuestionar inversiones que ya cuentan con la calificación técnica favorable del Ministerio de Ciencia. Con esta interpretación, la Audiencia refuerza la seguridad jurídica de las empresas que han aplicado estas deducciones desde 2015, al impedir que la inspección tributaria revise posteriormente la naturaleza innovadora de los proyectos.
No obstante, la sentencia sí reconoce que Hacienda mantiene competencias para comprobar los aspectos económicos vinculados a la deducción. Entre ellos figuran la correcta justificación de los gastos, la trazabilidad de los pagos, su adecuada imputación contable y la relación efectiva de esos costes con el proyecto declarado.
En los últimos años, la Agencia Tributaria había intensificado el control sobre este tipo de beneficios fiscales, cuestionando especialmente si determinados proyectos podían considerarse realmente actividades de investigación, desarrollo o innovación tecnológica. Una parte relevante de esas inspecciones se ha centrado en proyectos relacionados con el desarrollo de software, cuya consideración como actividad susceptible de deducción ha sido objeto de frecuentes discrepancias.
La Audiencia Nacional sostiene ahora que esa valoración técnica no corresponde a la inspección tributaria cuando existe un informe motivado vinculante emitido por el Ministerio de Ciencia. La resolución aplica el principio de "respeto a los actos propios" de la Administración, según el cual un órgano administrativo no puede contradecir el criterio previamente adoptado por otro órgano competente de la propia Administración.
En este sentido, el tribunal considera que Hacienda no puede revisar libremente la naturaleza de proyectos que ya han sido reconocidos oficialmente como actividades con derecho a deducción por innovación tecnológica. Aunque la sentencia todavía puede ser recurrida en casación, la Audiencia determina inicialmente que la Agencia Tributaria deberá devolver a la empresa afectada las cantidades correspondientes a la deducción que le había sido rechazada.
La resolución supone un nuevo límite a la intención de Hacienda de revisar los informes emitidos por el Ministerio de Ciencia y delimita con mayor claridad el papel de la Agencia Tributaria, que queda circunscrito al control económico y documental de las deducciones aplicadas.
Desde Fi Group by EPSA, consultora que ha participado en el procedimiento judicial, destacan que el fallo contribuye a consolidar un marco más claro para la aplicación de los incentivos fiscales vinculados a la I+D+i. Según apuntan, la sentencia refuerza la seguridad jurídica de las empresas respecto a la calificación técnica de sus proyectos y delimita el alcance de las facultades de comprobación de la Administración tributaria.
En los últimos meses, la actividad inspectora de Hacienda ya había comenzado a centrarse principalmente en la revisión económica de los proyectos tecnológicos. El foco se sitúa ahora en la justificación de los gastos asociados, incluyendo costes de personal, recursos empleados y otros desembolsos vinculados al desarrollo de las actividades declaradas.
La sentencia de la Audiencia Nacional refuerza además la importancia de que las compañías obtengan el correspondiente informe motivado vinculante para sus proyectos de innovación. Contar con este documento reduce considerablemente la capacidad de Hacienda para cuestionar el contenido técnico del proyecto y limita la inspección a la verificación de los gastos deducidos.